Duarte regresa el 15 de marzo, la JCG le concede el grado de general de brigada, el sector afrancesado concibe la idea de mantenerlo alejado de la estructura de mando. Primero lo envía a Sabana Buey como oficial alterno con la comandancia de Santana donde no logra convencerlo para realizar el ataque a Azua y expulsar a Herard, la falta de abastecimiento lo imposibilita de avanzar hacia la Capital, pero tampoco regresar Haití porque un golpe de Estado coloca al General Philippe Guerrier en la presidencia.
Luego es enviado al Cibao En poco tiempo logra palpar amenazas a la patria, ya conoce el plan de los afrancesados, y los haitianos cruzan la frontera en un intento por controlar nueva vez la parte Este de la isla.
Santana que había reunido un pequeño ejército con los batallones 31 y 32, un grupo de trabajadores con poca experiencia militar y otro grupo de la Capital que se integra al igual que en el camino por donde pasaban aumentando el número de combatiente.
Las definiciones favorables a los conservadores en el ensañamiento contra el patricio convergen tres situaciones, 1) La situación de guerra que prevalece, 2) El control de los aparatos del Estado de los conservadores, y 3) Su compromiso de luchar por una patria libre e independiente, y la honestidad que demuestra al devolver parte de los fondos e inventariado los gastos para la campaña en Bani. Lograda la independencia, la amenaza haitiana convierte el país en un escenario de guerra donde se buscan los recursos necesarios y engrosar las filas para el combate.
Las escaramuzas y las batallas de la primera campaña son más que suficiente para entender la situación que prevalece, donde los hombres de arma son los que ocupan un lugar primigenio en la defensa de la patria. Santana recibe en el periodo un reconocimiento que no es merecedor. Comienza con la batalla del 19 de marzo, que no participa según la carta que les envía Saint Denis a las autoridades de Francia donde afirma que las tropas que salieron de la Capital no participaron en el combate, Antonio Duverge es el único héroe. En Las Carreras es cuestionada su participación.
También, el sector conservador queda en poder de los órganos de Estado, tomando las decisiones cónsonas con su proyecto anexionista, tratando de mantenerlo alejado de la Capital, el 22 lo envían a Sabana Buey como oficial adjunto y actuar en coordinación con Pedro Santana, también para sustituirlo al frente de las tropas en una eventual incapacidad.
La derrota en Puerto Tortuguero corta el abastecimiento de las tropas haitianas, el derrocamiento de Herard, sustituido por el anciano general Philippe Guerrier, las tropas de Azua pierden la capacidad de movilidad, no pueden regresar y tampoco seguir hacia la Capital. Las continuas deserciones de los soldados hambrientos, en busca de agua en la zona, Duarte trata de convencer a Santana para realizar el ataque y expulsar a los usurpadores.
Las reiteradas solicitudes de autorizar el ataque, la negativa, toma la determinación de escribir una carta a la JCE exponiéndole la situación, “Dios, Patria y Liberad. República Dominicana. Cuartel General de Bani, 1ro. de abril de 1844. _ A los miembros de la Junta Central Gubernativa.
Es por la tercera vez que pido se me autorice para obrar solo con la división que, honrándome con vuestra confianza, el 21 del pasado pusisteis bajo mi mando para que, en todo de acuerdo con el general Santana tomara medidas de seguridad y defensa de la Patria. _Hace ocho días que llegamos a Bani, y en vano he solicitado al general Santana que formemos un plan de campaña para atacar al enemigo, que sigue en su depravación oprimiendo a un pueblo hermano que se halla a dos pasos de nosotros. _ La división que está bajo mi mando solo espera mis órdenes yo espero las vuestras, para marchar sobre el enemigo seguro de obtener un triunfo completo, pues se halla diezmada por el hambre y la deserción. Dios guarde a Vdes, muchos años. Juan Pablo Duarte.”
Cuatro días después recibe de la Junta una comunicación ordenándole el regreso con su estado mayor, su presencia es necesaria en otra parte. En la Capital entrega el restante de los $1,000.00 con un inventario detallando los gastos y devolviendo $827.00 lo cual no es del agrado de los miembros de la JCG, ya empezaba a incubarse en la clase política a no ofrecer detalles del gasto de los recursos que reciben, no muy alejado de los partidos políticos en la actualidad.
Dificultades en el Cibao, Duarte es designado para conciliar posiciones, en La Vega recibe el apoyo mayoritario de sus habitantes, en Santiago y Puerto Plata, en presencia de los ciudadanos más prestantes y las autoridades, Mella lo presenta como el próximo presidente, no expresa palabras ambigua para interpretar, no acepta y en la última dice, “Yo proclamo solemnemente en presencia de tantos ciudadanos que expresan sincera inclinación a mis propósitos republicanos, que a pesar de las hondas heridas que sangran de mi alma, el perdón, la justicia y el sumo bien de la patria, mis formas individuales y políticas hasta el fin de mi existencia.”
Continúan sumándose situaciones para que la adversidad se ensañe contra aquel hombre para quien la patria fue, “lucha, sufrimiento, sacrificio y muerte”, apresado y trasladado a la Capital, también los trinitarios Pedro A. Pina, Francisco del Rosario Sánchez y otros, el 22 de agosto mediante decreto_ resolución son deportados del país, comienza el ostracismo, pero esta vez es una víctima de aquellos que detentan el poder y no creen en la existencia de una patria libre e independiente con el nombre de República Dominicana.
En el exilio recibe la noticia de la muerte de su padre Juan José Duarte, luego su familia fue conminada abandonar la patria, porque es la voluntad de Santana y Bobadilla de sacar del pensamiento social el ideal de Duarte, pero nadie podrá despojarlo porque, “fue el primero que soñó la patria, que escuchó el grito de la patria herida, que fundó la Trinitaria, y el 27 de febrero de 1844 convoca 174 febreristas para proclamar una nación libre e independiente con el nombre de República Dominicana” Desde el segundo exilio comienza una transformación del hombre que lo había dado todo por la patria, el descreimiento en los que gobiernan, demostrando intereses y ambiciones sin importarles el futuro de la patria.
Pero nunca renuncia al sacrificio por la patria. En Venezuela se introduce en la selva del Apure, donde los que habitan allí son indígenas que la mayoría viven en situación de extrema pobreza. Adaptarse a su nueva situación de la comodidad en que había vivido no es fácil, pero las cercanías del verdor de las tierras no colonizada ayudan por la naturalidad del ambiente y la sencillez de la gente. Así transcurre parte significativa del tiempo en la vida de Duarte, en algún momento nadie sabe nada de su existencia, algunos lo daban por muerto.
Su capacidad para adaptarse y el sacrificio por la Patria lo hacen un ser extraordinario que después de conocer y vivir un tiempo en Europa se somete a las calamidades de una tierra inhóspita, más difícil para quien carece de los recursos indispensable para vivir. El gobierno de Jiménez en 1848 mediante decreto hace un llamado al regreso de los próceres expulsado por Santana, pero Duarte no se entera por lo alejado en que se encuentra de la civilización.
Ya envejecido, el 8 de agosto de 1862 reaparece en la Capital de Venezuela, su rostro y su cabello blanquecino son la mejor prueba de la transformación que se había producido en su figura. Joaquín Balaguer en “El Cristo de la Libertad” dice, “Monseñor Arturo de Meriño, quien lo conoció en esta época, habla de la impresión que le causó la figura del apóstol, transformada por veintiún años de soledad, y recuerda que sus labios convulsos solo se habrían para perdonar a sus enemigos y para dolerse de los males “que había sufrido y sufría entonces” con mayor intensidad la patria de sus sueños.”
El prócer en la capital venezolana, después de permanecer la mayor parte del tiempo en su retiro de Rio Negro reencontrándose con sus hermanos y someterse a una vida careciendo de lo elemental, de familia acomodada y conociendo los avances y el desarrollo del viejo continente donde no le faltaba nada. Pero el déspota Pedro Santana no perdonaba, menos a un hombre de la dimensión del fundador de la patria, quien no asume posiciones acomodaticias y mediatizadas.
Su compromiso con la patria no le permite aceptar la designación que le ofrece el general Juan Crisóstomo Falcón, Ministro del Interior del Gabinete; para cubrir sus gastos prefiere vender sus libros entre los cuales figuraba una Geografía Universal. Un grupo de relacionado tratan de convencerlo de aceptar una designación del gobierno de España, Buenaventura Báez que solo tiene lealtad hacia las cosas de sus conveniencias ofrece sus servicios a la nación europea y es designado mariscal de campo.
A partir del 1864 las divergencias entre Santana y el brigadier Peláez, el descontento de la población por la dominación española producen intranquilidad, ya los restauradores controlan la mayor parte del país, el general Gregorio Luperón dirige las tropas, es inminente las negociaciones, España estaba derrotada. Preocupado por la nueva situación de la patria, su anexión en 1861 lo compromete una vez más con la lucha y el sacrificio a quien le había dedicado toda su existencia, una vez más busca recurso para regresar.
El Cónsul de España maniobra contra los planes de Duarte, en compañía de su hermano Vicente Celestino Duarte, el poeta Manuel Rodríguez Objio, Mariano Diez y un voluntario venezolano Candelario Oquendo, el 25 de marzo desembarca por Montecristi, después de 20 años pisa la tierra donde nació, un 16 de julio de 1838 funda la sociedad secreta la Trinitaria y el 27 de febrero de 1844 proclama una nación libre e independiente con el nombre de República Dominicana.
Benito Monción, comandante de las fuerzas revolucionarias en la región al enterarse de su presencia le ofrece todas las atenciones y las tropas en formación lo presenta con los méritos de la proceridad de la cual es merecedor. Luego sus pasos se encaminan a visitar a Matías Ramón Mella muy enfermo en cama, al presentárselo a su descendencia como el primer general dominicano, uno dice “ese no se parece a un general”, las calamidades y el tiempo se reflejan en el rostro del patricio.
El 28 de marzo, Duarte envía una carta al gobierno provisional donde se pone a la orden e informa de su presencia en la región, tres días después se presenta en Santiago en compañía de su estado mayor y recibido por Ulises Francisco Espaillat, el reemplazo de Mella en la vicepresidencia. Allí le reitera los sentimientos del gobierno provisional emitido en la carta donde dice, “El gobierno provisorio de la República ve hoy con indecible júbilo la vuelta de usted al seno de la patria.” Informa a la vez de las gestiones realizadas en Venezuela por obtener el apoyo del presidente Falcón para el movimiento de Capotillo.
Repite la entrega del inventario de los Mil Pesos ($1,000.00) que había recibido en sus gestiones del presidente Guzmán Blanco, como lo hizo en 1844 en la campana en Bani. Después de la entrevista, nueve días transcurren Duarte recibe una carta en la que el gobierno de la Restauración que preside José Antonio Salcedo lo designa para una misión secreta ante el gobierno de Venezuela. En principio rechaza por sus condiciones de salud, afirma que cualquier suma que se le entregue gastara la mayor parte en su enfermedad. Se declara incapacitado para desempeñar las funciones en el exterior. Había recomendado la designación de Melitón Valverde como agente diplomático en Venezuela.
Sus dificultades no terminan, días después un ejemplar del Diario de la Marina, periódico que se edita en Cuba, en un artículo expone las divergencias que existen en el gobierno restaurador por su presencia en el país. La patria que había fundado le pone obstáculos para su permanencia en ella, cerraba nueva vez los caminos para terminar su existencia en la nación que lo había convertido en lucha, sufrimiento y sacrificio, siendo el que más derecho tiene. Se inicia una conjura interpretada por el prócer, “no me quieren aquí”. Acepta su designación como Ministro Plenipotenciario del Gobierno de la Restauración, en Curazao se encuentra con Melitón Valverde con la designación de Ministro Plenipotenciario, pero con poder más amplio frente a los gobiernos de Venezuela, Perú y la Nueva granada.
Decepcionado se convence de que no lo querían su presencia en la patria que, nueva vez se ofrece para combatir en los campos de batalla como el más humilde soldado, pero rechazado por el liderazgo restaurador. Los cambios políticos que se producen y la torpeza de Melitón Valverde haciendo publico sus funciones en Venezuela, ponen en alerta la representación diplomática de España que espiaba sus movimientos.
Duarte en una entrevista con el Presidente Desiderio Frías exponiéndole los avances de la lucha restauradora, aunque se muestra convencido le recomienda prudencia y discreción. La última gestión diplomática exitosa, las visitas al agente consular de Perú logrando que el II Congreso Interamericano de Lima adoptara medidas en favor de la lucha que libra la República Dominicana.
Recibiendo correspondencia de los avances de la lucha revolucionaria hasta la salida de los españoles en 1865, pero ya conoce las luchas intestina y fratricidas entre el liderazgo restaurador y no regresaría al país en esa situación. En ese momento, el 7 de marzo escribe la carta al Gobierno de la Restauración donde le dice, “Mientras no se escarmiente a los traidores como se debe, los buenos y verdaderos dominicanos serán siempre victimas de sus maquinaciones; el gobierno debe mostrarse justo y enérgico en la presente circunstancias o no tendremos patria y por consiguiente libertad ni independencia nacional.”
Decidido a permanecer en Venezuela esperando mejores condiciones para regresar, en 1875 ocupa la presidencia Ignacio María Gonzáles al año siguiente es acusado por la Liga de la Paz de manejos raros e ineptitud en su gobierno y obligado a renunciar. Había enviado una carta a Duarte solicitando su regreso que nunca le quita el sello para abrirla, pierde la fe y la esperanza de su amada patria; también el caso de Espaillat quien renuncia a la presidencia. El 16 de julio de 1876 muere alejado de su patria. 38 años después de haber fundado la Trinitaria.